2016年11月，为更好的完成预算编制工作，市港航管理局进一步规范了预算编制程序。
秉持落实主体责任、保障重点指出、统筹财政资金、强化绩效管理的基本原则，市港航局进一步规范了预算编制程序：一是从严控制一般性支出预算，按照只减不增的原则编制“三公”经费；二是加强项目库管理，加强项目预算编制与港航海事业务工作的有机衔接，做好项目储备，推动项目向前端延伸，强化项目精准管理；三是规范非税收入收支管理，科学预计非税收入，全额纳入预算；四是加强资产配置管理，科学预计资产配置情况，按要求编报新增资产配置预算；五是做好政府采购及政府购买服务预算编制，细化政府采购预算，加大政府购买服务力度。
下一阶段，市港航局将严格按照财政批复的“预算控制数”进行“二上”阶段预算编制，合理调整预算数据各部分的细节，保证2017年预算更加合理准确。